1) 기존 뿌리가 있다고 보이는 면적 전체에 대해 뿌리손상이 최소화되도록 실시한다.
2) 토양의 물리적 성질 및 뿌리의 분포상태, 생장상태, 고사상태 등을 파악한다.
3) 이상이 의심되는 부분의 수관 바깥으로부터 주간을 향하여 실시한다.
4) 복토, 답압 된 토양, 오염된 토양을 제거하고 살아있는 뿌리가 발견될 때까지 계속 파 들어간다.
1) 고사가 진행 중인 뿌리는 완벽하게 건전한 부위에서 단근하고, 남아 있는 뿌리의 상태에 따라 박피를 시행하여 세근 발생을 유도한다.
2) 발근촉진제와 살균제를 혼합한 연고제를 박피 및 단근부에 도포하여 세근의 발생을 유도하고, 병균과 수분의 침투를 방지한다.
1) 단근처리 및 박피 부분은 토양소독을 실시하여 토양 병해충이나 목재부후균의 침입을 방지한다.
2) 토양소독은 토양처리용 살균 및 살충제의 토양 혼화 또는 분무 등의 방법으로 처리한다.
1) 단근된 부분에서의 유합조직 형성을 돕고 병원균 침투를 막기 위하여 필요한 경우, 단근된 부분에 발근촉진제와 작물보호제를 혼합한 유합조직 형성 촉진제를 바를 수 있다.
나무의 지상부가 죽을 때 가지 끝에서부터 밑으로 죽어 내려오면서 수관이 축소되듯이. 뿌리도 가장자리부터 안쪽으로 밑동을 향해 죽어간다. 따라서 죽은 뿌리를 찾기 위해서는 수관폭 바깥에서부터 밑동을 향해 안쪽으로 접근해야 한다. 수관폭 내에 콘크리트나 아스팔트가 깔려 있다면 모두 제거하고, 수술이 끝난 후에 다시 덮지 않는다. 수관폭 바깥에서부터 시작해서 원형으로 밑동을 향해 흙을 파서 들어간다. 과거에 복토가 되지 않았다면, 깊이 15~30Cm 이내에 수평근이 있고 잔뿌리가 대량으로 있어야 한다. 복토된 경우에는 잔뿌리가 위로 올라와서 자라기도 한다. 잔뿌리가 모두 살아 있고, 대량으로 나타난다면 뿌리 수술을 필요로 하지 않는 건강한 상태이다. 잔뿌리가 없거나 굵은 뿌리가 모두 죽어 있으면 살아 있는 뿌리가 나타날 때까지 더 깊게 그리고 밑동을 향해 땅을 파서 들어간다. 살아 있는 가는 뿌리가 대량으로 발견되는 부분은 더 이상 파헤치지 말고 다른 부분으로 이동한다. 과거 뿌리 주변에 복토를 실시했다면, 이 기회에 흙을 모두 제거하여 원래의 높이로 낮추어 주어야 한다. 이 과정을 생략하면 뿌리 수술을 해도 효과를 볼 수 없다.
살아있는 뿌리가 나타나기 시작하면 우선 죽어 있는 부분을 절단해서 제거하는데, 반드시 살아 있는 쪽에서 예리하게 칼로 절단해야 한다. 살아 있는 뿌리가 발견되면, 손상되지 않게 조심하면서 예리한 칼로 3Cm 폭으로 환상박피하거나 7~10Cm 길이로 띠 모양 부분 박피를 실시한다. 직경이 작은 뿌리는 이보다 좁게 혹은 짧게 수피를 벗긴다. 절단되거나 박피된 곳에는 발근촉진제인 옥신(IBA를 주로 씀)을 10~50ppm 분제로 조제하여 뿌리고 상처도포제(티오판 도포제)를 발라준다. 살아 있는 뿌리에서 절단하고 박피함으로써 새로운 뿌리의 발달을 유도할 수 있다.
토양 중에 있는 각종 병균과 해충을 구제하기 위해 토양 살균제와 살충제를 굴착한 토양에 뿌린다. 살균제로 캡탄(captan) 분제, 티오판 수화제(thiophanate methyl, 톱신 M)를 쓰고, 살충제로 다이아톤을 쓴다. 흙을 들어낸 기회를 이용하여 토양을 개량하면, 새로운 뿌리의 발달과 무기양분 흡수에도 도움이 될 수 있다. 되메꾸기를 하기 전에 굴착한 흙의 일부에 모래, 완숙퇴비, 질석, 펄라이트, 석회를 적절히 섞어 토양의 물리적 성징과 화학적 성질을 동시에 개량하도록 한다. 퇴비는 총부피의 10% 이상 되도록 하며, 반드시 완숙된 퇴비를 써야 한다.
되메꾸기는 개량된 흙을 노출된 뿌리 주변과 굴착한 도랑에 집어넣는 과정이다. 이때 조심해야 할 것은 최종적인 지표면의 높이를 예전의 높이와 똑같이 해야 하며, 조금이라도 복토가 되면 안 된다. 그러나 유기물 멀칭은 허용된다. 절대로 콘크리트나 아스팔트를 입혀서는 안 된다. 부득이 복토해야 할 경우에는 복토 요령을 따라야 한다.
그 밖에 상습적으로 과습한 지역이라면, 되메꾸기를 하기 전 이미 굴착한 도랑 바닥에 수평유공관을 설치하고 흙으로 덮어 암거배수를 시도하거나 자갈을 깔고 도랑을 노출시키는 명거배수를 시도한다. 상습적으로 답압이 심한 지역이라면 수직으로 유공관을 여러 곳에 묻어서 공기 유통을 도모해야 한다. 그리고 추가 답압을 막기 위해 울타리를 설치하는 것이 가장 바람직하며, 그렇지 않으면 우드칩이나 바크로 두께 5Cm 이내로 멀칭한다.
뿌리 수술을 시행할 만큼 뿌리가 많이 죽어 있고, 뿌리 수술 과정에서 추가로 뿌리 손상이 일어나므로 지상부와의 균형을 맞추어야 한다. 가지치기를 통해 쇠약지, 고사지, 도장지를 제거하고 솎음전정을 통해 엽량을 줄여준다. 그리고 빠른 회복을 위해 엽면시비와 수간주사를 통해 무기양분을 추가로 공급해 준다. 엽면시비는 요소 0.5% 용액 혹은 질산칼슘, 제1인산칼륨, 황산마그네슘, 염화철을 각각 0.01~0.1% 용액으로 만들어 사용한다.